Lincoln Burrows (interprété par Dominic Purcell) est un petit délinquant qui a été condamné à mort pour le meurtre du frère de la vice-présidente des États-Unis. Convaincu de son innocence, Michael Scofield (interprété par Wentworth Miller), le frère de Lincoln, va tout mettre en ½uvre, au péril de sa propre vie, pour le faire évader de la prison de Fox River. Michael et Lincoln sont les seuls personnages qui sont apparus dans chaque épisode du feuilleton. Après l'incarcération de Michael, l'avocate Veronica Donovan (interprétée par Robin Tunney), amie d'enfance des deux frères, décide de reprendre le dossier de Lincoln. L.J. Burrows (interprété par Marshall Allman), le fils de Lincoln Burrows, est quant à lui très affecté par la mort prochaine de son père.
À l'intérieur de la prison, Michael commence à recruter d'autres prisonniers pour les besoins de son plan d'évasion: Fernando Sucre (interprété par Amaury Nolasco) et John Abruzzi (interprété par Peter Stormare). Sucre est le compagnon de cellule de Michael et constitue l'un des éléments comiques du feuilleton. Il est très amoureux de sa fiancée et décide de s'évader avant la fin de sa peine pour la récupérer. Abruzzi occupe une position importante parmi les prisonniers de Fox River, du fait de son appartenance à l'une des grandes familles mafieuses de Chicago. Il accepte de fournir un avion à Michael pour son plan en échange de l'adresse du témoin de ses crimes, Otto Fibonacci.
Ce qui suit dévoile des moments clés de l'intrigue.
Michael doit également affronter Brad Bellick (interprété par Wade Williams), qui est le chef des gardiens de la prison de Fox River. Theodore Bagwell (interprété par Robert Knepper), surnommé T-Bag, est l'un des grands méchants du feuilleton. Cruel et sans pitié, il s'est incrusté dans l'équipe d'évasion après avoir découvert le plan. De plus, Benjamin Miles Franklin (interprété par Rockmond Dunbar), surnommé "C-Note", incarcéré pour recel, prend connaissance du projet de Michael. Souhaitant retrouver sa femme et sa fille, il force Michael à l'incorporer dans l'équipe. En dehors des prisonniers, Michael rencontre la doctoresse de Fox River, Sara Tancredi (interprétée par Sarah Wayne Callies), qui se sent très vite concernée par son bien-être. Leur relation amoureuse va se développer au cours du feuilleton, le rôle de Sara va prendre plus d'importance dans la deuxième saison. À l'extérieur de la prison, l'agent secret Paul Kellerman (interprété par Paul Adelstein) tente de mettre fin aux investigations de Veronica Donovan autour de la vice-présidente. Il fait tout son possible pour que Lincoln Burrows soit exécuté le plus rapidement possible.
La deuxième saison introduit un nouveau personnage principal, l'agent spécial du FBI Alexander Mahone (interprété par William Fichtner), qui est chargé de retrouver les fugitifs. Mahone est à la fois l'alter-ego intellectuel de Michael et sa némésis.
Les acteurs Robert Wisdom, Jodi Lyn O'Keefe et Chris Vance rejoignent le casting du feuilleton lors de la troisième saison en tant que personnages réguliers. Wisdom joue le rôle de Lechero, un dealer de drogue panaméen devenu le grand chef des prisonniers de Sona. O'Keefe a été choisie pour interpréter Susan B. Anthony, agent du Cartel et dont les véritables intentions ne sont pas clairement dévoilées. Enfin, Chris Vance tient le rôle de Whistler : un pêcheur accusé à tort dont la jolie petite amie Sofia Lugo (Danay Garcia) fait équipe avec Lincoln pour le faire sortir de Sona.
À l'intérieur de la prison, Michael commence à recruter d'autres prisonniers pour les besoins de son plan d'évasion: Fernando Sucre (interprété par Amaury Nolasco) et John Abruzzi (interprété par Peter Stormare). Sucre est le compagnon de cellule de Michael et constitue l'un des éléments comiques du feuilleton. Il est très amoureux de sa fiancée et décide de s'évader avant la fin de sa peine pour la récupérer. Abruzzi occupe une position importante parmi les prisonniers de Fox River, du fait de son appartenance à l'une des grandes familles mafieuses de Chicago. Il accepte de fournir un avion à Michael pour son plan en échange de l'adresse du témoin de ses crimes, Otto Fibonacci.
Ce qui suit dévoile des moments clés de l'intrigue.
Michael doit également affronter Brad Bellick (interprété par Wade Williams), qui est le chef des gardiens de la prison de Fox River. Theodore Bagwell (interprété par Robert Knepper), surnommé T-Bag, est l'un des grands méchants du feuilleton. Cruel et sans pitié, il s'est incrusté dans l'équipe d'évasion après avoir découvert le plan. De plus, Benjamin Miles Franklin (interprété par Rockmond Dunbar), surnommé "C-Note", incarcéré pour recel, prend connaissance du projet de Michael. Souhaitant retrouver sa femme et sa fille, il force Michael à l'incorporer dans l'équipe. En dehors des prisonniers, Michael rencontre la doctoresse de Fox River, Sara Tancredi (interprétée par Sarah Wayne Callies), qui se sent très vite concernée par son bien-être. Leur relation amoureuse va se développer au cours du feuilleton, le rôle de Sara va prendre plus d'importance dans la deuxième saison. À l'extérieur de la prison, l'agent secret Paul Kellerman (interprété par Paul Adelstein) tente de mettre fin aux investigations de Veronica Donovan autour de la vice-présidente. Il fait tout son possible pour que Lincoln Burrows soit exécuté le plus rapidement possible.
La deuxième saison introduit un nouveau personnage principal, l'agent spécial du FBI Alexander Mahone (interprété par William Fichtner), qui est chargé de retrouver les fugitifs. Mahone est à la fois l'alter-ego intellectuel de Michael et sa némésis.
Les acteurs Robert Wisdom, Jodi Lyn O'Keefe et Chris Vance rejoignent le casting du feuilleton lors de la troisième saison en tant que personnages réguliers. Wisdom joue le rôle de Lechero, un dealer de drogue panaméen devenu le grand chef des prisonniers de Sona. O'Keefe a été choisie pour interpréter Susan B. Anthony, agent du Cartel et dont les véritables intentions ne sont pas clairement dévoilées. Enfin, Chris Vance tient le rôle de Whistler : un pêcheur accusé à tort dont la jolie petite amie Sofia Lugo (Danay Garcia) fait équipe avec Lincoln pour le faire sortir de Sona.

